Prejsť na obsah
Dianie na FIIT STU

Mám chvíle, keď mi je clivo za Oxfordom a Bazilejom. Strávil som tam tretinu môjho života a na tie chvíle budem vždy spomínať v dobrom. Na Slovensku však existuje veľký potenciál prakticky v akomkoľvek smere, hovorí genetik a dátový vedec pôsobiaci v oblasti in silico medicíny, docent Michal Kováč. V súčasnosti pôsobí na Ústave informatiky, informačných systémov a softvérového inžinierstva FIIT STU.

Ako ste sa dostali k oblasti, v ktorej pracujete?

Pred tým, ako som vyštudoval softvérové inžinierstvo na Univerzite v Oxforde, som pracoval vo výskume na Univerzite v Bazileji v oblasti medicínskej genetiky. K informatike som sa dostal jednoducho tak, že jedného dňa predo mňa postavili laboratórneho robota, ktorý mal moju prácu do roka nahradiť. Vtedy mi došlo, že musím rýchlo zmeniť moju profesijnú orientáciu, ak si teda chcem udržať nejakú perspektívu zamestnanosti. Informatika bola niečo, k čomu som prirodzene inklinoval a môj odchod na Oxford toto rozhodnutie urýchlil.

Ktorej podoblasti sa venujete vy konkrétne?

Za poslednú dekádu sa doména onkogenetiky výrazne zmenila. Pred desiatimi rokmi sme sa ako začínajúci dátoví vedci snažili o skúmanie genetickej podstaty dedičných foriem nádorových ochorení, pričom našou primárnou motiváciou bolo oslobodiť molekulárnu diagnostiku od vyčerpávajúcej laboratórnej rutiny. No postupom času sme opustili statické dáta a prešli do vývoja algoritmov založených na strojovom učení a umelej inteligencii pre optimalizáciu liečby onkologických pacientov, ktoré musia byť využiteľné v reálnom čase. Našim cieľom je postupne vybudovať základy personalizovanej onkológie, ktorá funguje na báze tvz. syntetickej letality.

Aké sú aktuálne trendy v tejto oblasti? Čomu sa venuje svetová veda, kam sa posúva?

Súčasné trendy sa snažia implementovať umelú inteligenciu všade tam, kde bola predtým nutná intervencia zo strany človeka. V posledných rokoch teda nejde teda ani tak o vývoj nových metód, ale o prenos rozhodovania na umelú inteligenciu a automatizáciu analytických procesov.

Aké vedecké úspechy ste vo svojom výskume dosiahli?

Publikovať výsledky v časopisoch Springer Nature alebo Cell považujem za úspech, ale vyliečiť onkologických pediatrických pacientov, ktorí nereagujú na štandardnú liečbu, je neporovnateľne cennejšie. Mojimi najväčšími úspechmi sú teda hlavne zachránené životy pacientov v prípadoch, kde sa žiadne zlepšenie stavu neočakávalo.

V čom je hlavný význam vášho výskumu?

Snáď prvýkrát v histórií dokážeme navrhnúť nové spôsoby liečby onkologických pacientov metódami data science tak, aby boli “šité na mieru” konkrétneho tumoru.

Kde sa nachádza slovenská veda vo vašej oblasti? Vyrovná sa európskej či svetovej?

Nemyslím si, že postavenie slovenskej vedy v mojej oblasti je iné v porovnaní s inýmivednými disciplínami. Reálny stav “špičkovej” slovenskej vedy však asi najlepšie ukazuje Nature Science Index z roku 2019. Existuje síce aj novší index z roku 2020, kde si Slovensko mierne polepšilo, ale memento z roku 2019 nastavuje zrkadlo slovenskej vede asi najlepšie. V tomto indexe totiž naša krajina úplne prepadla a nedostala sa do zoznamu najlepších päťdesiatich krajín na svete, kde sa robí veda špičkovej kvality, a zároveň, zaznamenalo jeden z najväčších poklesov ratingu spomedzi hodnotených krajín vôbec. Teda ak nerátame vojnou zmietanú Sýriu. Predbehli nás dokonca aj takí vedeckí “matadori”, akými sú Irán, Vietnam, Kolumbia, Čile a Mexiko. Je to memento pre všetkých, ktorí sú za tento stav slovenského školstva a vedy zodpovední. Nedá sa donekonečna tváriť, že sme špičkoví, keď kráľ je nahý.

Keď porovnáte zahraničné výskumné univerzity a slovenské, kde identifikujete naše domáce problémy? Čo by sme mali na Slovensku robiť inak, lepšie?

Myslím, že hlavným problémom slovenských “výskumných” univerzít je to, že výskumné univerzity sú pomaly všetky, ale veda sa na nich robí čisto pro forma; vedeckým grantom je väčšinou pridelený iba zlomok finančného objemu na to, aby mohli docieliť čokoľvek zmysluplné, a takéto podfinancovaný výskum je potom prezentovaný ako špičková veda. Pritom za publikovanie nepodstatných dát neexistuje penalizácia, rovnako ako za nadpriemerné výsledky neexistuje odmena. Pre každého je teda pohodlné latku položenú na zemi prekročiť alebo odkopnúť, nie preskočiť. Následná devalvácia slova “špičkový” je preto logickým vyústením zlyhávajúceho systému a trend neustáleho klamania (samých seba) považujem za sebazničujúci pre budovanie zmysluplného výskumu na Slovensku. Podľa mňa by sme si mali ako štát zadefinovať priority, nemôžeme robiť ako malá krajina všetko. Potom nerobíme nič poriadne.

Brzdí slovenskú vedu prezumpcia viny, na ktorej je založená zložitosť verejného obstarávania- „každý je potenciálny zlodej“? Ako je to v zahraničí, trvajú aj tam procesy tak dlho?

Moja skúsenosť zo švajčiarskeho grantového systému je, že priemerný grant je vyhodnotený od troch do šiestich mesiacoch od uzavretia výzvy, pričom vysúťažené prostriedky sú dostupné ihneď po obdržaní rozhodnutia. V štátnych schémach je nepochybne viac regulácie, ale veľa grantových schém zo súkromných zdrojov nemá vôbec definované využitie prostriedkov - to je ponechané v dobrej viere na riešiteľovi projektu, aby si kúpil čo potrebuje a hlavne kedy to potrebuje. Poprípade aby zmenil tému projektu, ak je to nutné. Jediným kritériom pre získanie ďalších prostriedkov je vedecká kvalita výsledných publikácií. Ak ich nemáte, veľmi rýchlo sa ocitnete na dlažbe pretože grantové agentúry nepodporujú priemernosť a na každú pozíciu majú univerzity desiatky vhodných kandidátov, ktorí vás s radosťou nahradia. Slovenské verejné obstarávanie každého, žiaľ, vidí ako potenciálneho zlodeja a tým brzdí akýkoľvek rozumne rýchly výskum. Kým my zvládneme napísanie projektu reagujúceho na aktuálny problém, získame grant a obstaráme zariadenia, svetová veda má problém možno už vyriešený.

Odišli ste do zahraničia. Z akých dôvodov?

Do zahraničia som odišiel, pretože ma nebavilo robiť vedu len pro forma a nevidel som žiaden spôsob, ako sa profesne na Slovensku posunúť ďalej. Finančný rozmer pri odchode bol prítomný tiež, ale nebol hlavnou motiváciou pre odchod.

Ste príkladom úspešného vedca, ktorý sa nedávno vrátil na Slovensko. Čo vás presvedčilo vrátiť sa domov a pôsobiť na FIIT STU?

S manželkou si nevieme predstaviť, že by sme zostali trvalo žiť v zahraničí, takže návrat bol vždy plánovaný. Pôvodne sme však odišli len na tri roky, nakoniec z toho bolo štrnásť. Som rád, že vyšiel môj návrat na Slovensko a že som prišiel na FIIT STU, keďže tu nachádzam potrebné know-how a zázemie na to, aby som sa mohol profesne posunúť ďalej.

Aké výsledky očakávate, že budete vedieť dosahovať na Slovensku?

Moja práca je v súčasnosti už čisto informatická, takže nepotrebujem nákladné “mokré” laboratóriá na generovanie dát pre medicínsky výskum. Tak to fungovalo dekádu dozadu. Naopak, prípadný úspech projektov závisí od dostupnosti gridovej infraštruktúry pre distribuované počítanie a know-how v oblasti umelej inteligencie a strojového učenia. Preto sa medicína, na úrovni ktorej pracujem, nazýva in silico medicínou.

Ste rád, že ste späť?

Som, aj keď mám chvíle, keď mi je clivo za Oxfordom a Bazilejom. Strávil som tam tretinu môjho života a na tie chvíle budem vždy spomínať v dobrom. Na Slovensku existuje ale veľký potenciál prakticky v akomkoľvek smere, takže sa nebojím, že by som tu nemal čo robiť :).

Aké je vaše rodinné zázemie a vaše záľuby?

Som šťastne ženatý a medzi moje záľuby patrí japonská kultúra, cestovanie, knihomolstvo a sebachallengovanie v podaní cyklistiky a maratónskych behov.

 

     

Foto: Sukromný archív. Prvá fotka je z čias štúdia na Oxforde, druhá z japonských "potuliek" s manželkou, tretia zo zermattského maratónu. Úvodná fotka je zo švajčiarskych "potuliek".


Michal Kováč je genetik a dátový vedec pôsobiaci v oblasti in silico medicíny. Vyštudoval softvérové inžinierstvo na Univerzite v Oxforde (2016) a molekulárnu biológiu na Univerzite Komenského (2001), kde aj neskôr obhájil doktorát z genetiky (2006). Posledných 14 rokov pôsobil striedavo na univerzitách v Bazileji a Oxforde, s krátkym intermezzom vo farmaceutickej firme Roche (2012 - 2014). Práve tu sa začal špecializoval na bioinformatickú analýzu “veľkých dát” pre potreby optimalizácie liečby onkologických pacientov. V tejto téme pokračoval neskôr v rámci projektu INFORM v spolupráci s univerzitou v Heidelbergu, kde sa podarilo úspešne etablovať liečbu RARP inhibítormi u pediatrických pacientov s metastazujúcim osteosarkómom, ktorý zvyčajne znamená veľmi zlú prognózu. Vyvinuli pritom sadu testov, ktoré sú založené na informatickej analýze nádorových genómov, a tak nezaťažujú pacienta opakovanými klinickými testami. Je autorom 42 vedeckých publikácií, vrátane článkov v Nature Genetics, Nature Communications, Nature Ecology and Evolution a Cancer Cell. Vo februári 2021 obhájil habalitačnú prácu na FIIT STU.


Článok pre univerzitný časopis Spektrum (pdf, str. 38 - 39) pripravil Tomáš Kováčik.